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Wir schreiben das 22. Jahr der Heisei-Periode. Japan wird von dem grausamen Tokugawa Shogunat regiert und ist mittlerweile ein vom Rest der Welt abgeschotteter Staat. Yukimura Sanada, die dem verfeindeten Clan der Toyotomi angehört, hat eine fürchterliche Vorahnung: Ein gigantischer Schatten, entsandt vom Tokugawa Shogunat, wird Japan heimsuchen und alles verdunkeln. Zusammen mit Leibwächterin Matabee Gotou infiltriert sie die Buou Akademie des Shogunats und trifft dort auf den Samurai Muneakira Yagyuu. Plötzlich geraten sie in einen Hinterhalt und stehen der Armee von Hanzou Hattori gegenüber, da erstrahlt ein blendend grelles Licht am Himmel. Feenhaft gleitet ein wunderschönes, nacktes, rothaariges Mädchen vom Himmel – direkt in Muneakiras Arme. Sie stiehlt ihm seinen ersten "Kuss“ und verwandelt sich in einen Master-Samurai…
Die Spionin Naoe soll für den Tokugawa-Clan Recherchen über die Toyotomi-Eindringlinge Yukimura und Matabei anstellen. Während ihrer Ermittlungen kommt sie zu der Überzeugung, dass Muneakira für alles Böse an der Akademie verantwortlich sein muss. Mit der Zustimmung ihres Auftraggebers Yoshihiko hat sie fortan ein klar definiertes Ziel: Muneakira töten! Nach einem erfolglosen Versuch sieht sich Naoe gezwungen, die Geheimwaffe einzusetzen, die ihr Yoshihiko für den Notfall mitgegeben hat. Als sich die Waffe jedoch als Monster entpuppt, wird sie Naoe plötzlich selbst zum Verhängnis. Von dem Monster verschlungen, ist sie auf die Hilfe der Master Samurai angewiesen. Schaffen es die Samurai Girls, das Monster mit vereinten Kräften zu besiegen?
