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Shinji erwacht nach 14 Jahren und findet sich auf dem Schlachtschiff AAA-Wunder der Anti-NERVOrganisation WILLE wieder, die von Misato und anderen ehemaligen NERV-Mitgliedern gegründet wurde. Obwohl Shinji für Rei alles riskiert hatte, konnte bisher nur er aus der EVA-Einheit 01 geborgen werden. Als das Schlachtschiff plötzlich von EVA 09 angegriffen wird, hört Shinji die Stimme von Rei und begibt sich in die Obhut der EVA-Einheit, um mit ihr zu verschwinden. Er wird zur fast komplett zerstörten Geofront gebracht. Hier versucht Shinji sich an die neue Umgebung anzupassen und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stossen dabei auf schreckliche Wahrheiten hinter den Engeln, NERV, den Evangelion und dass die Rettung von Rei den Third Impact ausgelöst hat, der die Erde stark vewüstet hat.
Vierzehn Jahre sind nach dem Second Impact vergangen, doch die Menschheit wird immer noch von den Engeln attackiert. Shinji Ikari wird aus Evangelion Einheit-01 geborgen und erkennt, dass sich Dinge geändert haben, jedoch nicht zum Besseren: Die Welt wurde verwüstet und seine ehemals Verbündeten von NERV haben sich ihm und Rei Ayanami gegenüber feindlich eingestellt. Obwohl Shinji für Rei alles riskiert hatte, konnte sie bislang nicht in Eva Einheit 01 wiedergefunden werden. Shinji versucht, sich an die neue Umgebung anzupassen, und trifft dabei auf den rätselhaften Kaworu Nagisa. Beide begeben sich auf die Suche nach Rei und stoßen dabei auf schreckliche Wahrheiten...
Mahiro Maeda